そもそも論になってしまいますが、アンバランス接続がメインの機器は筐体アースに−電流が流れやすいのでシステム電位の安定という面では足枷になります。とはいえ一般的なオーディオ環境はアンバランスが主流ですのでアースが絡むと混乱の元になっているのが現状かと思います。
下記は筐体（シャーシ）アースをとった場合の対処法です。
TSフォン、RCAケーブルの場合ケーブルが2芯以上の場合、シールドを片側で解放します。
1芯の場合は2芯以上のものに交換し、上記と同様にする。
同軸ケーブルの場合マスタークロックジェネレータをAD/DAに入れている方はコンバータのDSPの有無で対応が変わります。
DSP非搭載またはバイパスする場合は両機器ともにアナログ電源にし、両端にフェライトコアを入れます。装着位置によって効き方が変わるのでカットアンドトライが必要になります。
DSPを使用、またはバイパスできない場合はコンバータはデジタル電源、クロックはアナログ電源にし、フィルタは入れないでおきます。
基本的にクロックはAES/EBUで送れるのであればそちらの方が良いと思います。
同軸デジタル（コアキシャル）の場合も同様にフェライトコアを入れてみてください。光デジタル（オプティカル）で代用できる場合はそちらでも良いかと思います。
アース的観点からすると光はアースが切れており、同軸はアースが繋がっています。接続機器が互いに筐体アースされている場合、同軸はグラウンドループの原因になり、光を用いることでループを切れます。逆に筐体がアースされていない場合に光を用いると機器間の電位が一致せず、同軸を用いて電位を一致させた方が良いという考え方が成り立つでしょう。